畜產微生物資源收集與建構 - 農業知識入口網

本研究使用鷄糞進行發酵堆肥，並持續記錄堆肥分別為30、50 及70 公分深之溫度變化。於堆肥50 公分處深測得發酵最高溫度約66℃，並進行採樣。將冷藏之堆肥樣品溶於滅菌水後，再分別塗抹於TSA plate 與TSA-5% skimmilk plate 上，在50℃培養下TSA plate 上能長出眾多不同之菌落，並可在TSA-5% skim milk plate 挑選到產生胞外蛋白酶之菌株共12 株。由16S rDNA序列分析得知，此12 株菌除1 株為Alcaligenes 屬外，其他皆為Bacillus 屬，其中四株分離株初步在選擇性培養基上的蛋白酶活性表現比從生物資源保存及研究中心(BCRC)選購之典型菌株或專利菌株的表現佳，因此，此四株具有進一步研究的潛力。瘤胃為一特殊複雜的厭氧環境，內含之微生物包括細菌、古細菌、真菌、原蟲，且85~95%尚未能以人工分離培養。所採集之乳牛與水牛瘤胃液樣品，其pH 值分別約為6.8 與5.6。使用商業核酸萃取套組直接萃取瘤胃液中之微生物核酸。其後分別以細菌與真菌小單位核醣體核酸基因專一性之引子進行PCR 增幅放大，並將增幅片段選殖於TA 選殖套組，進行DNA定序與瘤胃微生物多樣性分析。在乳牛瘤胃液樣品分析中，其結果顯示在細菌多樣性分析，52 個株系中有51 個是屬於未被分離培養或未被鑑定者，僅一株屬於纖維分解菌Fibrobacter succinogenes (相同度為96%)，而所屬菌門則有Bacteroidetes (32/52), Fibrobacteres (1/52), Firmicutes (18/52)及unclassifiedBacteria (1/52)。在真菌多樣性分析中，75 個株系中有74 個屬於厭氣真菌Neocallimastix sp.，另僅一株屬於酵母菌Trichosporon jirovecii。而在水牛瘤胃液樣品分析中，其結果顯示在細菌多樣性分析中，89 個株系中所屬菌門有Bacteroidetes (57/89), Firmicutes (20/89), Proteobacteria (2/89), Spirochaetes(1/89), Lentisphaerae (1/89)及unclassified Bacteria (8/89)。在古細菌多樣性分析中，88 個株系中所分屬之菌綱有Thermoplasmata (84/88)與Methanobacteria(1/88)，另外三株則屬於unclassified Euryarchaeota 菌門。在真菌多樣性分析中，40 個株系中有36 個屬於Neocallimastix frontalis，二株各分屬於Aspergilluspenicillioides, Paecilomyces sp., 另二株則屬於未培養的真菌。在原蟲多樣性分析中，42 個株系分屬於6 種原蟲。以質體系統建構由水牛瘤胃液樣品萃取DNA之基因庫，所保存之株系數目達5,760 個。目前以活性篩選方法，初步從基因庫中篩選出可能具脂肪分解酶活性之株系3 株，因此，需進一步進行DNA 定序以找出相對應的orf 與蛋白質序列資料庫比對分析。


附　　件：http://kmweb.moa.gov.tw/種原知識庫/專輯/五十週年所慶htm/07.pdf