有小丑魚界的勞斯萊斯之稱的黑金剛小丑（Amphiprion mccullochi）是目前全世界最貴的小丑魚，每對成魚的售價是新台幣9萬元，本中心於2010年在坊間水族館購買2對，並展示於小丑魚主題館供民眾參觀，種魚經1年多的培育後終於在2012年產卵了，研究人員以一般小丑魚的培育方式育苗，經過多次修正繁殖方式都宣告失敗，同時種魚也停止產卵。2013年4月黑金剛小丑再度產卵，記取以往失敗的經驗，本年度嘗試利用深層海水進行育苗研究，終於獲得初步的成功。
黑金剛小丑最大特徵是除嘴巴、頭部後方及尾鰭是白色以外，全身密佈著絲絨般的黑色，在一片紅、橘、黃色小丑魚中算是獨樹一格，尚未成熟的亞成魚可發現白色橫帶於軀幹中央，性成熟後橫帶隨即消失。因為野生數量稀少，澳洲政府已將其列為禁止出口魚類，在水族市場總是物以稀為貴，導致本種價格水漲船高，每尾市價已經喊到5萬元，國內有不少玩家也開始收集並進行蓄養。
本中心於2010年起展示4種高價小丑魚，其中黑金剛小丑是最受民眾注目的魚種， 2012年5月種魚開始有產卵情形，但由於遊客偶而會拍打玻璃或開啟閃光燈，導致種魚受到驚嚇而出現吃卵情形。因此在2012年7月將種魚移至育苗室進行培育及調控產卵水溫，經過九個多月的努力，終於傳來好消息-種魚開始清床工作，並於4月20日產下約300粒卵，剛產出的受精卵為粉紅色，隨不同發育階段受精卵顏色變為淡褐色、黑褐色、黑色至閃亮的銀色，孵化時間出現在日落後半小時至1小時間，剛孵化之魚苗有聚光性，可利用白色LED燈集魚而順利收集仔魚。
記取上年度失敗的教訓，本年度嘗試利用深層海水進行種苗培育，深層海水具有菌數低、富營養鹽及微量元素均衡之特性，在相對低溫高鹽的環境下提高了黑金剛小丑仔魚活存率，且連續二次試驗皆得到相同結果，經過二個多月蓄養目前仔魚體長為0.8-2.5公分，經過馴餌後目前可完全攝食人工飼料。
黑金剛小丑仔魚黑白分明的斑紋像極了最近台北市立動物園出生的「圓仔」-貓熊，因此本中心特別安排黑金剛小丑仔魚在小丑魚主題館與民眾見面，並舉辦命名活動，希望民眾踴躍提供意見，讓黑金剛小丑仔魚在台灣有一個在地、響亮又好記的名字。