根腐病為紅豆苗期重要病害，主要由病原真菌Rhizoctonia solani 或 Pythium spp. 引起，常於紅豆播種後一個月內發生，其屬於土壤傳播性之病害，主要危害植株莖基部及根部，於高溫多濕環境下發病嚴重，故黏土、土壤含水率高、排水欠佳、易浸水之土壤皆利於此病害發生，受害植株初期呈現褐色或黑褐色病斑，並造成莖基部縊縮、壞疽與根腐等病徵，導致幼苗猝倒，最後全株枯萎死亡而呈缺株，若未即時防治，易快速蔓延而導致未來產量損失
紅豆根腐病目前並無核准藥劑可供使用，但農友可以登記核准使用於紅豆其他病害的防治藥劑，20％福多寧水懸劑1,200倍(針對Rhizoctonia)及23%亞托敏水懸劑1000倍(針對Pythium)，一併防治根腐病。
另外，可用鹼性氯氧化銅噴灑土壤表面(63.02%鹼性氯氧化銅水分散性粒劑500倍或75%鹼性氯氧化銅可濕性粉劑1000倍)防止疫病。
使用時植株及土壤均勻噴灑。