自然配種是肉羊群最常採用的配種方式，又可分為自由配種(free mating)與監視配種(hand mating)兩種。自由配種方式是在母羊群中放入種公羊任意配種，其優點是節省發情觀察與人工配種的勞力。缺點是無法正確記錄發情母羊號碼及配種日期，也較難掌握母羊準確的懷孕階段而進行分群、分段飼養管理。此外，假如一天之內發情母羊頭數過多時，往往造成公羊過度配種，或公羊有偏愛特定母羊的現象，導致精液浪費或降低受胎率而影響羊群的繁殖效率。公羊一天的配種次數，最多可以允許8次，但不宜長期過度配種，以免降低母羊受胎率及公羊使用年限。同一母羊群中，最好不要一次放入2頭公羊，以免爭風吃醋而延誤配種或造成子代系譜的混亂。另一種自然配種的方式是監視配種，亦即母羊於確定發情之後，採用人工監控方式逐一接受公羊配種，可以避免前述自由配種方式的諸多缺點。
　　為了節省配種期間內偵測發情與配種的勞力，在配種季節中，可以考慮在母羊欄內設置組合式的臨時公羊欄。無論是採用哪一種自然配種方式，公母羊之頭數比例大致維持1：50，但假如採用發情同期化處理時，公母羊比例需提高到1：20或更高。

山羊自然配種