芒果花為圓錐花序，大部分頂生，偶有腋生但著果稍差。依花序之長短及有無混合葉片分為純圓錐花序、混合圓錐花序及短圓錐花序三種。純圓錐花序最普遍且較易著果，花序中無混生葉片，混合圓錐花序在花序之基部混生葉片或苞片狀小葉，亦可著果，短圓錐花序大部分開放於晚期花，花穗長度短，僅約5～10公分，為正常花序長度之1/6～1/3，花穗基部著生多片的新葉，著果較差。

芒果每一花穗平均約500～1500朵小花，每朵小花之花性為雄花或兩性花，一般情況下，同一花穗中雄花數目大都較兩性花少。雄花及兩性花之雄蕊群中，通常僅具有一枚功能雄蕊（Functional stamen），惟有時會產生二枚或極罕見的三枚功能雄蕊。兩性花通常具有一個球形子房，著生於五裂之圓盤上，偶爾亦可產生2～3個子房之畸形花。

芒果花之柱頭較花藥（anther）為高，要依靠機械作用將花粉搖落到柱頭上的可能性極少。昆蟲有助於授粉，蜜蜂和蒼蠅是最常見的媒介昆蟲。小花多數在早上開放，9～12點鐘花藥開裂數目達到高峰，一個花藥完全開裂所需時間為6分鐘，早上8～10點鐘花粉活力最高，12點鐘左右逐漸下降，下午又升高一次，因此以早上較易產生有效授粉，花藥開裂會受當日天氣狀況影響。

小花花器構造之發育依序為萼片、花瓣、功能雄蕊、退化雄蕊、心皮等。花序開花時小花中的兩性花在極短的時間開放，但與雄花開放之高峰期並不一致。海頓品種在開花期之最初10天，兩性花比率較高。在菲律賓調查pico及Carabao等品種的花穗，發現第一朵花是兩性花，開花後第三天雄花才出現，且在開花後14～15天，雄花數才多於兩性花。在澳洲調查愛文等六個品種，在開花期之前半段時間兩性花開放較多，平均為64.9%，雄花僅佔20.3%，於花期後半段，則雄花開放較多，平均為79.7%，兩性花佔35.1%，故花穗開花前期的授粉機率較高，為重要的授粉時機。在臺灣調查愛文、海頓及凱特等品種，花穗抽出初期兩性花多，中後期則雄花佔優勢，開花後第10天兩性花數目達到最高峰，雄花則在花開後第16天出現最多。