芒果修剪主要分三個階段進行：

1.採果後修剪：

芒果葉果比是 25，即需有 25 個葉片才能滿足一顆果實生育需求，依芒果枝梢的生長特性，一次梢約有 15 片葉，因此芒果的結果母枝必須抽長二次梢以上，而發育二次梢需 10∼14 週的時間，約需 3 個月。為了能及時在 11 月中下旬完成枝梢發育以利花芽分化，芒果果實採收完後至 8 月前應完成修剪工作。

修剪的目的為清除已結果完的敗弱枝條，並刺激新梢生長，以培養優良的結果母枝，芒果具有間歇性抽梢的生長習性，每次抽出的新梢成熟後，會從頂芽再抽出另一段新梢，使枝條呈周期性的抽梢現象，而每段枝條上葉片著生的間距越近頂芽越緊密，使得此處的潛芽繁多，若直接從葉片密生處上方剪斷時，則容易長出4～7支不等的新梢，徒增日後整枝的困擾，且所發育成的枝梢較為纖細，因此，宜在簇生節位上方2～3片葉處剪定，促使在不同位置及方向長出2～3支新梢，培養成為翌年結果枝，由於此次修剪攸關翌年開花結果與否，所以須注意枝條回剪的程度，依前一年培養梢次而言，通常回剪1～1.5次梢，是指1年生以下的枝條，枝條呈綠色狀態，若過度回剪至褐色枝條（1年生以上），則會影響翌年開花。

臺南地區約為 7 月下旬至 8 月進行採收後修剪工作(依品種採收期不同)，於果實採收後將結果枝進行短截修剪，即回剪 1 次至 2 次梢，以利其抽梢，並除去太細弱或過密枝條、剪除徒長枝、內插枝、下垂枝、病弱枝條等。應適當保留合理的葉片量，避免「剃光頭」式的剪法，以利新梢生長，此時為了培養健壯的結果母枝，修剪後在枝梢生長前應配合基肥的施用與進行灌溉，新梢生長時注意病蟲害防治。

2.開花前疏梢：

枝梢整理在於保留生長整齊且強健的結果母枝，並使各個枝梢向陽，截取較多的陽光，增加產能；同時在整理後，枝梢生長一致，使開花整齊、結果一致，方便日後管理，另過多細弱枝條除了會消耗養分外，亦會造成通風不良、病蟲害滋生，增加日後管理的因難。

於冬末，約 12 月下旬枝梢成熟過後至開花前，原則是保留強健的枝梢，將樹冠內過密或過細的枝梢除去，以維持良好的空間分佈，以促進陽光穿透與通風。

3.疏果修剪：

為避免果實間的養分競爭，應儘早疏果，建議以「一穗留一果」為原則，若枝梢較長葉片數足夠留二果時，則二果必須上下錯開，以免二果接觸摩擦造成擦壓傷，或因相互遮陰而著色不良。

在疏果的同時亦應疏刪剪短未結果枝，以利採光通風，因此時幼果期為炭疽病、薊馬危害的關鍵時期，剪短未結果枝梢可減少病蟲害躲藏的機會，防治較能徹底，同時亦可促進新梢產生，並提高光照，促進果實著色。