一群小丑魚的性別可以根據相對的體長來加以區分。若要單就一隻小丑魚來個別分辨其性別是比較困難的，若在一群魚當中通常則較為容易，體型較大的為雌性魚，較小型的為雄性魚。 　　 　　

台灣產的 5 種小丑魚中有 4 種較容易從外型或體色來辨識其性別，例如在咖啡小丑雄魚的單一白色縱紋在頸背中斷，而雌魚身上的條紋則是連貫的，而且，雄魚尾和臀邊緣是淡橘色的，而雌魚的則較淡色。紅小丑雌魚的側面是暗紅色的，而雄魚則完全是鮮紅色。台東產雙帶小丑的雄魚擁有鮮黃的尾鰭，而雌魚尾鰭則沒有。鞍背小丑的雌魚背鰭上的第二白斑明顯較雄魚大。致於公主小丑就很難從體色及外部型態去分辨雌雄，只能在一個海葵家族中，以魚體的大小來分辨。

小丑魚稚魚與成魚之間也有色彩上的差異存在 ，例如 ：紅小丑在孵化後 9 - 10 天左右稚魚有三條白色縱紋，在隨著成長其數目會減少為 2 條，亞成魚後只有在眼後剩下單一的白色條紋。公主小丑孵化後 12 -14 天會先在眼後及體中央出現 2 條白色縱紋，至第 16-17 天尾柄上的第3條白色縱紋才會出現。蕃茄小丑在孵化後 10 - 11 天左右稚魚有1條白色縱紋在眼後，背鰭的後方也有一個小白斑，約 2 個月後白斑會先行消失，4 - 5 個月後白色縱紋也會從頸背開始中斷，亞成魚後白色縱紋會消失，整條魚變成橘紅色，非常特殊有趣。

紅小丑 - 25日齡二條縱帶明顯

紅小丑 -90日齡第二條縱帶開始消失

紅小丑 -140日齡第二條縱帶消失

公子小丑 -13日齡二條縱帶同時出現

公子小丑 -16日齡第三條縱帶出現

印度紅小丑 -30 日齡有一條白色縱帶

印度紅小丑 -90 日齡白色縱帶開始消失

印度紅小丑成魚 - 白色縱帶消失