Wilson（1925）將百合原生種分成四個亞屬：

（1）鐵炮百合亞屬（Leucolirion）

花朵長喇叭形，基部筒狀，花被反捲1/3以下。花朵橫向，微上或微下。如鐵砲百合(L. longiflorum)、高砂百合（L. formosanum）、日本百合（L. japonicum）等

（2）山百合亞屬（Archelirion）

花朵漏斗形，開張大，花被反捲在1/2-1/3間，橫向開花，此亞屬是百合中花形最大者。如山百合（L. auratum）、作百合（L. platyphyllum）等。

（3）透百合亞屬（Pseudolirion）

花朵盃狀形，全張開，花被少反捲，較分離，向上開花。如透百合（L. elegans）、姬百合（L. concolor）等。

（4）鹿子百合亞屬（Martagon）

花朵鐘狀形，花被全開張有2/3以上反捲呈球狀，花朵向下開花，如鹿子百合（L. speciosum）、黃鹿子百合（L. henryi）、卷丹（L. lancifolium）等。