有機肥

有機肥的施用，可增加土壤團粒結構，保持水分含量，提供養分。雖然有機肥肥份不高，但一年施用兩年份則以足夠，不可一年施用過多。百合一年施用30噸廄肥則已足夠，超過50公噸，容易發生病害。
化學肥料
為了得到正確的施肥量，必須採取土壤樣品進行肥力化驗，在採取適當的施肥量。

氮肥

氮肥是很容易流失的養分，要正確的使用氮肥，必須在2-3月先分析土壤中氮肥含量，再依其含量補充每公頃100-150kg的氮肥。因氮肥易流失，因此避免根受肥害，須以分次施用；百合種球培育，常使用含鉀含鎂的過磷酸鹽，氮肥則使用緩效性肥料，或使用複合肥料。

鹽害

百合對土壤高鹽害十分敏感，高鹽使根部發生鹽害。肥料的施用會造成土壤鹽份濃度暫時性的急劇升高，尤其是畦床上，防患之道是於耕犁之前一段時間即施用鉀肥及磷酸鹽，而氮肥則少量多次施用。

土壤肥力檢測可洽各地區試驗改良場所。 http://www.moa.gov.tw/view.php?catid=8741