虱目魚的收成季節，大約是每年的六月到十月。收成的方式，也會隨著養殖的方式而有所不同，收成後於所供應的市場也有所不同。以淺坪式養殖來說，由於虱目魚魚肚沒有深水式養殖豐腴，且收成時所使用的流刺網會傷到魚體，ㄧ般都會銷售到加工廠，製成加工品在出售。而深水式養殖的虱目魚，外觀漂亮，收成後會運往魚市場拍賣，再送到市場販售給一般民眾。

        淺坪式養殖的收成過程，包含「消肚」、「圍網捕撈」以及「剝魚」等過程。消肚，大約是下午的三點會開始進行，主要是讓虱目魚受到驚嚇，不在進食並將腸胃中的物質排出體外，使魚腸的部份是乾淨無雜質的，才可做進ㄧ步的加工。消肚的過程，必須以人力拉動「紅鏈仔」(網目較大的單面網)，來回在魚塭中走動，使魚群受到驚嚇。到夜間才開始收成。

        大約在凌晨一點半到兩點，會開始進行圍網捕撈以及剝魚的過程。圍網是使用一種網目較細的流刺網(鏈ㄚ)，以人力在魚塭中將虱目魚由外往中央趕，圍成一圈又一圈，達上市體型的虱目魚受到驚嚇後，只要碰到魚網便會卡在魚網上動彈不得，此時在將它們一尾一尾的由網子上剝下來，集中在魚簍中，在秤重，就完成收成的工作。

        此種收成方式，需要大量的人力，在收成後，虱目魚多半體表有傷，賣像不佳，但也聽說，因為於未經過電擊，所以肉質口感較佳。

        在深水式養殖的收成上，時間大約再夜間八點左右，白天也有，主要是配合虱目魚要銷售到何處的時間。在收成方法上和傳統養殖並不相同。深水式養殖的虱目魚，收成時必須先用圍網，將達到上市體型的虱目魚趕至岸邊，集中在網子內，此時在以電魚器，將魚電暈，在整批收成即可。此種收成方法，虱目魚的體表較完整。