水生植物的主要繁殖方法大致上有扦插法、分株法和播種法三種，而盆栽常用的水生植物則多以前二者為主。利用扦插和分株進行繁殖的種類，須先於田間或設施中進行繁殖用母株的栽培。浮水盆栽用水生植物可直接將繁殖用母株種植於開放田間，待植株數量足夠時直接撈取或剪葉即為成品；而挺水性水生植物則於母株生長旺盛時剪取插穗或分株，以進行盆內扦插及種植。