水生植物對介質的選擇性不高，只要保水性佳的介質皆可。因此一般水田的黏質壤土便可做為盆栽用介質，特別是睡蓮、荷花盆栽或其他需將介質浸入水中的盆栽，須使用田土或赤玉土等不會漂浮在水上的介質，以免介質無法固著在盆底部。而一般中小型水生植物盆栽因考慮運輸便利性，建議使用泥炭土混合介質等較輕量的材質來種植。