由於黑糯米的外表糠層部份含有水溶性植物色素，所以在外表看來就有黑色、深紫色或是紅色等等顏色，因此浸泡於水中時，植物色素就會溶出。

一般來說，辨別黑糯米是否為染色之糯米之方式，可將買回來的黑糯米的糠層去除，如果內部呈現如一般糯米般的白色，則為正常之黑糯米；如果內部呈現顏色或色素有不規則分佈狀況，則可能為染色之糯米。