臺南區農業改良場雲林分場農業長期生態系試驗區已歷經 12 年，其中水稻連作區已 9年。透過監測土壤品質指標及作物產量將有助於了解施肥處理對土壤及作物的影響。

監測0 ~ 15 公分土壤結果發現土壤電導度皆低於 0.6 dS m-1、土壤有機質維持在 0.7 ~ 2.4%。2014年土壤電導度、酸鹼值、有效性鉀鈣鎂以及 2012 年土壤有效性磷出現與往年不同的變動，確切原因尚未釐清。

分析個別土壤品質指標在各層土壤分佈情形發現，由於施肥位置大多位於表面，使得土壤電導度、有效性磷鉀及有機質皆是 0 ~ 15 公分最高；土壤酸鹼值及土壤有效性鈣鎂則是隨著土壤深度加深而升高。本研究將持續分析氣候變遷對其他土壤品質之影響程度。