1874年12月2日出生於新瀉縣加茂町，1897年23歲時首次造訪台灣，1903年自東京帝大畢業，1906年將小西成章採集的標本發表成立台灣杉屬，1907年以《臺灣植物誌》等論文獲得博士學位。1922年48歲時任東京帝大教授。自1905年五月至1924年一月共十九年間，接受臺灣總督府囑託渡臺從事臺灣植物調查十餘次，而自1911至1920年每年出版一卷《臺灣植物圖譜》，共出十卷，新發現之臺灣植物多達二千三百多種。1934年一月十三日59歲病逝於東京小石川區的宅邸，三年後，由東京浮雕名家北村西望負責鋟刻，樹立紀念碑於臺北植物園，但現今已不存。


        根據第二版Flora of Taiwan，台灣的維管束植物共計237科，1419屬，3897種，其中經早田文藏描述命名者，共計549種，約佔台灣的維管束植物14.1%，早田文藏認為台灣杉屬(Taiwania)的成立與命名，是其在Flora of Taiwan最大發現，他對此引以為傲，尤其針葉樹能發現新的屬(genera)在植物界是一大盛事。

       
        早田文藏為何能夠在小西成章採集的標本認定是一個新種?源自於之前對於台灣的針葉樹12屬17種已經了解得非常透徹，因此當他第一次看到台灣杉標本時，即認定是一個新種，檢測其花果之後，進而認定是一個新的屬，對此他詢問英國針葉樹的權威Dr. MT Masters意見，經由其認同而決定發表，正式命名成立台灣杉屬(Taiwania)。