胚胎發育可區分原始胚（proembryo）、早胚（early embryo）與晚胚（late embryo）三階段。接合子首先進行核分裂，形成8個游離核（E2），位於接合子底部，隨後細胞壁出現，構成兩層細胞，下層含2-3個細胞，上層則由5-6個長方形細胞組成，上層再次分裂，致使原始胚具有三層細胞（E3），最上面開放層與藏卵器互通，中間長細胞為原始懸柄（prosuspensor），最下層之胚細胞進行若干次分裂，構成胚細胞團（E4），同時原始懸柄伸長，將胚團推入雌配子体之組織（胚囊）。早胚發育之最大特徵為懸柄之延長及胚團之急速增殖（E5-6），懸柄上部常扭轉成圈，下方則保持筆直，將胚團埋入胚囊，胚團附近之胚囊組織會逐漸分解，騰出一腐蝕腔，提供胚之生長空間。多個藏卵器之卵可能同時受精，或者胚細胞裂解成數個胚團，致一胚囊中有多胚現象（polyembryony）（E6），但最後僅有一胚成活。晚胚之發育包括胚細胞之不斷分裂及器官之分化，在八月底左右，莖頂（shoot apex）、子葉（cotyledon）、胚莖（hypocotyle）、胚根（radicle）及根冠（root cap）已大致分化完成，其內部構造與成熟之休眠胚（種子）已無多大區別（E9），胚之發育來自主軸之節間生長（intercalary growth），莖頂生長點在胚中尚無作用。

　　　　台灣杉的胚胎發育後期及種子形成解剖構造