 
繁養殖用水是魚隻順利活存、成長良好的關鍵。養殖場規劃籌備時,應該謹慎考慮附近水文的週年變化,水質條件如溫度、鹽度及營養鹽等。
一般水質條件之基本要求如:
(1)溫度:雖石斑魚可以忍受15-36℃之水溫,但是適合石斑魚之溫度範圍為25-29℃
(2)鹽度:正常海水鹽度為35 psu,而適合石斑魚養殖的鹽度為25-35 psu
(3)pH 8-9
(4)溶氧:4 ppm以上
(5)污染物:避免家庭、畜牧、工廠廢水之清潔劑、排泄物、農藥、化學藥物及重金屬等污染
目前國內的養殖用水來源,主要有岸邊地下砂濾海水及地表海水等。
(一) 地下砂濾海水
若場址周遭為海岸砂質地形,一般於岸邊挖井即能於地下淺層獲得豐富天然砂濾之乾淨海水,如枋寮、林邊、東港、林園、茄萣等沿岸地區屬之。
(二) 表層水
若繁殖場地點屬土質海岸,淤泥較多,則以抽取低潮線海水方式取水;內陸地區則由溝渠利用漲潮直接抽取表層海水,如永安、臺南、嘉義、雲林等沿岸地區屬之。其水質富含懸浮顆粒、微藻、浮游生物…等,一般需經以下步驟處理為宜。
1. 沉澱
利用阻絕光線及物理沉澱法,將水中懸浮顆粒及藻類分離,上層澄清的水即可作為種魚池用水。
2. 過濾
以砂濾方式過濾,可用重力式砂濾池方式或機械高壓式砂濾器進行過濾,藉以去除15 μm以上之微小生物及顆粒。
3. 消毒
消毒是控制細菌等病原侵入,防止水產養殖動物疾病爆發最直接、最有效的方法,產業上用水消毒處理一般常用有:
(1) 化學藥劑
如次氯酸鈉、二氧化氯等。次氯酸鈉為常見的化學消毒劑,一般可於海水中加入次氯酸鈉溶液 (含有效氯8%) 10-25 ppm,經24小時後,再加硫代硫酸鈉中和餘氯後使用;或經充分曝氣後1週使用。二氧化氯是一種強氧化劑,具有很強的消毒殺菌功能,是環保署公告合法環境用藥,育苗用水一般可用4-5 ppm消毒24小時,再充分曝氣後使用。
(2) 紫外線
紫外線消毒技術是一種安全、無二次污染的消毒技術,具有廣效殺菌的特點,是設施化養殖常用的消毒方式。缺點是紫外線燈管的輻射強度會隨使用時間增加而下降,使得消毒能力減低,利用阻絕光線及物理沉澱法,將水中懸浮顆粒及藻類分離,上層澄清的水即可作為種魚池用水。
2. 過濾
以砂濾方式過濾,可用重力式砂濾池方式或機械高壓式砂濾器進行過濾,藉以去除15 μm以上之微小生物及顆粒。
3. 消毒
消毒是控制細菌等病原侵入,防止水產養殖動物疾病爆發最直接、最有效的方法,產業上用水消毒處理一般常用有:
(1) 化學藥劑
如次氯酸鈉、二氧化氯等。次氯酸鈉為常見的化學消毒劑,一般可於海水中加入次氯酸鈉溶液 (含有效氯8%) 10-25 ppm,經24小時後,再加硫代硫酸鈉中和餘氯後使用;或經充分曝氣後1週使用。二氧化氯是一種強氧化劑,具有很強的消毒殺菌功能,是環保署公告合法環境用藥,育苗用水一般可用4-5 ppm消毒24小時,再充分曝氣後使用。
(2) 紫外線
紫外線消毒技術是一種安全、無二次污染的消毒技術,具有廣效殺菌的特點,是設施化養殖常用的消毒方式。缺點是紫外線燈管的輻射強度會隨使用時間增加而下降,使得消毒能力減低,
且在濁度較高的養殖用水殺菌效果有限。
(3) 臭氧
臭氧對水中微生物消毒殺菌效果顯著,其以高壓放電式產生臭氧,再經文氏管吸入,於混合槽充分與海水接觸,反應濃度為0.5-1.5 ppm,反應時間3-5分鐘,處理後需經充分曝氣及活性碳吸附後使用。
4. 活性碳吸附
海水中含有鹵素,經臭氧反應後易形成具毒性之鹵氧化物,活性碳可用以吸附具毒性之鹵氧化物等有機毒物。
5. 生物過濾
以天然牡蠣殼作為濾材,價廉容易取得,其主要成分為碳酸鈣,具附著微生物及調節pH功能。

圖. 室內石斑魚養殖池示意圖
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