蔥屬Allium為1754年瑞典分類學大師林奈所建立。發表之初，由於整個植物分類系統還處於人為分類階段，因此它只作為一個獨立的分類單元不隸屬於任何等級。

　　1789年，法國植物學家A. L. de Jussieu開創自然分類系統之先河，首次建立百合科Liliaceae，並以子房上位為依據，把蔥屬劃歸百合科。

　　但是英國植物學家J. Hutchinson對這種觀點持有疑議，他認為單從子房上、下位作為分類特徵未免太簡單，並且把那些親緣關係極近的屬分割開了，而傘形花序在分類上有更重要的意義，因此在他的著作《有花植物科志》中將蔥屬歸入石蒜科Amaryllidaceae。中國侯寬昭教授編寫《中國種子植物科屬詞典》時作了同樣處理。

　　瑞典分類學家A. J. Agardh則主張建立蔥科Alliaceae，主張建立蔥科的學人也很多，如A. Takhtajan在《有花植物的起源和散佈》一書中給出的植物系統大綱，把蔥屬獨立成科，以此來解決蔥亞科的花序和石蒜科相似而子房上位又和百合科相同的矛盾。

　　蔥科是一類多年生草本顯花植物，屬於單子葉植物。在《APG分類法》中被單獨分成一個科，隸屬於天門冬目，2003年修訂的《APG II 分類法》，將百子蓮科和石蒜科合併到蔥科中。一些原來屬於蔥屬的種被合併到紫燈花科中。

　　蔥科中最重要的屬是蔥屬，包括多種食用植物，如蔥，洋蔥，蒜，韭等。


《被子植物APG分類法》是1998年由被子植物種系發生學組（APG）出版的一種對於被子植物的現代分類法。這種分類法和傳統的依照形態分類不同，是主要依照植物的三個基因組DNA的順序，以親緣分支的方法分類，包括兩個葉綠體和一個核糖體的基因編碼。雖然主要依據分子生物學的數據，但是也參照其他方面的理論，例如將真雙子葉植物分支和其他原來分到雙子葉植物綱中的種類區分，也是根據花粉形態學的理論。