荔枝育種的主要目的是解決主要栽培品種單一及質優品種產量低之問題，因此，育種的首要目標是不同產期、豐產及產量穩定。至於品質則要考慮的因子包括高可溶性固形物、低酸含量、果肉質地細緻、風味優良、焦核率高、果實大及果色鮮紅等。若要選出一個完全符合上述品質要求的品種不僅選拔強高過高，窒礙難行，實際上亦無此必要，如果以品質具有特色來代替則較符合實際之需求。

適應性是育種上另一個需考慮的重點，過去在糧食作物育種時代，適應性廣是經常被要求的，然而荔枝並非糧食作物且荔枝不同品種其生殖生長期對環境的需求亦有很大的不同，例如晚熟品種在台灣南部開花不易，而早熟品種在台灣中部種植較易有公孫粒的現象，因此改從品種多樣化乃至一鄉鎮一特產的角度，去選育反而較易成功。

基於上述的考慮，育種的目標定為選育不同產期，豐產且產量穩定，品質與風味具有特色之優良品種。