由於荔枝人工雜交授粉執行不易，荔枝育種仍有相當大的比率採取自然授粉實生選種的方式，運用此法要確保育種成效須仰賴數量龐大的實生苗族群，單以嘉義分所而言荔枝育種者所需處理的實生苗常達數千以上，然而試驗所需之土地的取得很有限，因此妥善處理實生苗是十分必要的，荔枝實生苗處理常用的方法有兩種，茲分述如下﹕

一、密植

優點：節省土地。將實生苗以單幹整枝的方式，至1公尺以上才分枝，使早日達到結果高度，並配合密植，此為世界各國果樹育種常用的方式。若採行株距2.5公尺 × 0.25公尺，1公頃可種植約14,000株，而現行商業栽培株距為4公尺或5公尺，則1公頃僅可種植400至600株。荔枝育種者所需處理的實生苗常在數千以上。

缺點：

1.生長勢弱之實生苗，往往尚未開花，即因不見天日而遭淘汰。

2.幼年期長的實生苗，如種植5年後仍未開花結果，植株極為高大，調查不便。因此，密植需恰到好處，目前嘉義分所採取的方式為3.0公尺 × 1.0公尺。

二、高接

　　此法即是取假植中之實生苗的接穗接在老熟的植株上，以促進結果。其最大的優點是節省時間，高接的實生接穗通常在嫁接後2年即可開花，因此平均約可節省3年的時間。
　　此法的缺點是不易管理，除了荔枝高接成活率仍偏低外，一植株上嫁接許多自不同實生苗取得之接穗，因實生苗生長勢及砧木之親和性的不同，其生長勢差異極大，導致枝條雜亂不易管理，然若同一植株上嫁接實生苗太少又不符合土地利用效率。

實生品系選拔(即初選)

1.以評估果實品質為主，須有接近的兩年之果實品質均優良者方得入選。

2.評估項目包括單果重、果皮重、果肉重、果長、種子重、種子長、果肉率、可溶性固形物、果皮顏色、採收期等。

　　由於要評估的實生苗數目很多，因此實際執行時，通常由育種人員先品嚐果實，若風味不佳者直接淘汰，果實毋需分析，風味佳者，取部份果穗，經計算每穗果數後，每株逢機取20粒依前述項目分析果實；其餘未採取的果穗則於1週或10天後再採收一次分析，以可溶性固形物最高的那一次為適當成熟度，為使選拔有個依據，訂有選拔標準，嘉義分所訂有下列5項標準如下：

                                       (1).單果重要大於或等於20公克。
                                       (2).果肉率要高於或等於70%。
                                       (3).可溶性固形物要高於或等於16。Brix。
                                       (4).產期與黑葉不同。
                                       (5).具有特殊風味。

　　上述5項標準要有其中3項達到，才有資格入選。為了解果實品質的穩定性，須有接近兩年之果實品質達到標準，方能通過初選進入下一階段的試驗。