通過初選的品系即可增殖進行品種系比較試驗，進行品系種比較試驗的目的，在於評估該品系是否有申請品種權及至將來推廣的價值，因此下列幾點事項要留意。

一、要有對照品種供試，而且此品種最好是商業栽培的主要品種。

二、產量評估是試驗的重要目的，因此供試的材料最好採用大小一致的高壓苗，若採用嫁接苗則恐受到砧木的遺傳因子，砧穗親和性等因素的干擾較不理想。

三、選擇育種者易於管理的場所，最好是育種者所服務的試驗場所。