據說當地早期因為種滿了「赤科樹」而得名，而這「赤科樹」是日語的音譯，因此，是「赤科」，還是「赤柯」倒是無所查了。
稱「赤科山」，是因為早期山區生活困苦，為求溫飽，取「科」字，因為「科」字的左側「禾」代表「穀物」，右側「斗」，借意「豐收」，代表的是對當時困苦生活的一種祈福。
稱「赤柯山」是因「赤柯樹」既然是樹木，就理當從「木」旁，因此也就是「柯」字法。

另外，因為此地向來說閩南話，「科」和「柯」的發音在閩南話(台灣話)中，差異很大，「科」(音近中文的"科")的發音要較「柯」(似中文的"刮")好聽許多。

注：赤科樹為何種樹木，目前已不可考。