完熟的愛玉子可直接鮮食，風味良好但是無法久放，因此大多數的愛玉子在成熟後，就會採下進行採收後處理，良好的採收後處理，可維持愛玉子高果膠及高酵素活性等特性，不僅可以增加商品價值，亦可延長保存年限。

愛玉子的採收後處理大至分為下列步驟

• 清洗:
  果實摘回後，利用大量流水清洗，去除乳汁，也可用來移除田間熱
   
• 削皮:
  利用水果刀或削皮機進行削皮，削皮宜於採收後3天內進行削皮，避免果實軟化，增加處理難度。
   
• 烘乾:
  將削好的果實縱剖一刀，以日光或烘乾機，烘乾瘦果皮。烘乾溫度不宜過高，避免酵素失去活性。待瘦果皮脫水後，翻面繼續烘瘦果。
   
• 保存:
  烘乾後，將瘦果放置於乾燥環境，或以厚的塑膠袋包裝綁緊，放置於陰涼乾燥的空間。