配種制度可分為近親配種與遠親配種，二者之優缺點，在一般育種學課本皆有敘述。家畜與實驗室用小動物之試驗結果顯示，經近親配種後，生長速度、生殖效率與活力，均有減退現象，此稱之為近親配種衰退(inbreeding depression)。此外，在甚多近親配種之試驗中，含遺傳缺陷或致死基因之後代，亦屢有出現。在白尾鹿，體型大小、鹿角之大小與對稱性，均與雜合性呈正相關。雜合性程度較低之個體，較早性呈熟。但雜合性程度較高之個體，其成熟體重、鹿角大小、社會優勢與生殖效率均較佳。
兩配種個體親代間之親屬關係，較該畜群之ㄧ般為疏遠者，此種配種制度，稱之為遠親配種。遠親配種包括異型雜交(out-crossing)、異品種雜交(cross breeding)、級進育種(up-grading)、近親配種所育成品系間之雜交、與屬或種間之雜交。鹿隻之飼養歷史並不悠久，品種、品系亦未形成，有關遠親配種制度可參考一般育種學教科書。
遠親配種中，親屬關係最疏遠之個體間之配種，為種間雜交(interspecific cross)與屬間雜交(intergeneric cross)。ㄧ般而言，具有相同數目之染色體及NF之兩物種，易於雜交，並可產生有生育力之後裔。若NF相同，但2n略微不同，則雜交後，染色體因進行羅勃遜易位而發生重新排列；兩個V形單臂染色體融合成一個新X形等臂染色體。若此種所需之易位作用較少，則雜交仍可能發生，但後裔之生育力減退，尤以雄性後裔為然。若NF與2n皆不相同，則雜交後，即使產生後裔，後裔亦將完全不育。在鹿隻，有關種間或屬間雜交之性能表現所知不多，但已知有甚多種間或屬間雜交之可能性。
在英國、紐西蘭、德國與蘇聯之野外，常可見及梅花鹿與紅鹿間之雜交，而且其雜交後裔具有生育力。在台灣，亦有鹿農以牡紅鹿與牝梅花鹿雜交，其子代之體形較梅花鹿為大，鹿茸產量亦有提高。