鹿屬於反芻獸其消化器官與一般的單胃動物最大的差異是氛溫為四個區間，分別稱為瘤胃、蜂巢胃、重辦胃與皺胃。其中，皺胃的功能與單胃動物的胃相近；重瓣胃可能具有磨碎食物的功能；瘤胃與蜂巢胃則提供做為微生物生長、發酵食物的處所。反芻獸的消化生理與營養學，與一般單胃動物的最大差異，主要歸諸於瘤胃與蜂巢胃內微生物的活動。
飼料經由鹿隻採食、咀嚼、吞嚥後，首先進入瘤胃與蜂巢胃，在此接受微生物的分解，有一部分可能在休息時逆流道口腔，進行反芻，再被吞嚥到瘤胃與蜂巢胃，接受微生物分解。

飼料中的醣類（包括纖維素、澱粉、雙醣、單醣）在反芻胃中，會被微生物分解利用，並產生醋酸、丙酸、丁酸等揮發性脂肪酸。這些揮發性脂肪酸可以被鹿體吸收。吸收後，可以直接氧化產生能量，也可以轉變成為葡萄糖，在合成肝糖儲存；在瘤胃內，微生物也可以把揮發性脂肪酸與氨合成氨基酸，在合成為微生物所的蛋白質。
飼料中的蛋白質進入瘤胃後，約５０～７０％會被微生物所釋放的蛋白質分解酶水解成肽與胺基酸。胺基酸一部分直接被微生物合成為其本身所需蛋白質；一部分被細菌的脫胺基酶進行一步分接為氨、揮發性脂肪酸、二氧化碳等。其他飼料中的非蛋白氮（如胺基酸、尿素、尿酸、硝酸鹽）也可以被微生物分解產生氨。氨又可以被微生物合成為蛋白質。揮發性脂肪酸與氨在瘤胃被吸收後，經由肝門靜脈到達肝臟。其中揮發性脂肪酸可以直接被利用或轉變成葡萄糖或是脂肪酸；氨則可以被轉變成尿素。尿素可能經由瘤胃壁進入瘤胃，或是成為唾液成分而在被吞入瘤胃，而成為瘤胃微生物製造蛋白質的氮源；尿素也可以經由腎臟，隨尿液排出體外。排出體外的尿素與其他含氮物質，除大部分喪失之外，一部份又可能被鹿隻喝入瘤胃，而成為瘤胃微生物的氮源。
飼料中的脂肪進入瘤胃後，不飽和脂肪會被微生物氫化成包和脂肪酸，因而大大地減少了必須脂肪酸，所幸反芻獸對必須脂肪酸的需求量並不高。
除了上述的消化作用之外，反芻胃中的微生物可以合成所有水溶性維生素與維生素Ｋ，因此，除年幼鹿隻以外的所有鹿隻不需再考慮而外提供這些維生素。有關瘤胃微生物對礦物質的利用情況，很少報告提到，但不管微生物能不能利用、如何利用，最後都將進入其他消化道，被鹿隻吸收或排出體外。
飼料中的醣類與蛋白質再經過反芻胃時，大部分已被微生物分解，只有少部分會進入皺胃。然而，反芻胃內的微生物也將逐漸地隨飼料殘餘部分進入皺胃。飼料殘餘部分與微生物通過皺胃、小腸、大腸時，就不鹿隻進一步消化與吸收。澱粉與雙醣會被分解成單醣（主要是葡萄糖），而被小腸吸收。蛋白質與多肽被分解成寡肽與胺基酸，而被小腸吸收。脂質被分解成脂肪酸及其他物質，而被小腸吸收。溶於水中的礦物質與維生素，也在腸道被吸收。

影響消化率的因素
飼料中的化學組成分與動物種類等許多相關會影響飼料的消化率，分數如下：

（一）植物種類：一般而言，闊葉草因粗纖維含量較少，所以消化甚高，禾本科牧草次之，而樹枝葉因含較高比例的木質素不能被微生物消化，所以消化率較低。

（二）植物部位：種子因含粗纖維少，所以最容易消化；葉子因含木質素少，故也容易消化；莖因木質化程度較高，較不易消化。

（三）植物成熟度：植物或部位較嫩則易消化；較成熟者，較不易消化；枯黃植物或其部分，則因養分被植物本身代謝殆盡，極難消化。

（四）食物組合：微生物固然可以消化飼料，但有易發酵成份存，則微生物生長較好，也將具有較好的消化能力，因此在使用非蛋白氮彌補蛋白質含量不足的飼料時，如能補充發酵碳水化合物（如糖蜜），則效果更好。

（五）乾草製備條件：製作乾草的過程會影響養分的破壞或流失，一般而言，乾燥越快，則養分破壞越少，因此，機器乾燥的乾草通常比日光乾燥者品質較好，而日光乾燥時若遇下雨，則因部分養分流失與可能霉變，品質將罷為下降。

（六）動物種類：一般而言，大型鹿隻對粗料的消化率較小型鹿種的好。動物的能量消鶴與體表面積成正比，而鹿類的體型越小，則瘤胃容積辦體重的比例卻越小，故小型鹿隻為攝取足夠能量，必須增快食物通過消化道的速度，而粗纖維的消化是一緩慢的過程，故小型鹿隻犧牲了部份的粗纖維消化率。事實上小型鹿隻瘤胃內的微生物數量與種類也較大型鹿者為少。

（七）動物年齡：反芻獸的瘤胃與蜂巢胃在出生後慢慢發育，微生物的數量與種類也慢慢增加，因此粗纖維的消化能力也將隨著年齡的增長而提高。

（八）採食量：採食量越多，則食物通過消化的速率就越快，而粗纖維的消化是緩慢的過程，故粗纖維的消化率也將降低。然而，在合理的限度內，採食量多，飼料效率不但不降低，反而會提高。