鹿場之糞尿處理，因鹿之飼養以個養為主群養較少，其排出之糞便成粒狀量少收集之關係，其糞尿處理以將舍內之糞便清除收集後，利用堆肥設施製成堆肥是最簡易之糞尿處理方式。但因鹿叫敏感易衝動，為了減少對鹿隻的干擾及鹿舍內之臭味，仍有以水定期沖洗鹿舍，而有廢水之產生，而需設置廢水處理設施。

鹿舍沖洗之廢水，具學者之報告由於用水量關係其廢水濃度COD介於10,928±4,032與4,268±681 mg/L、BOD 1,101±247與725±234 mg/L、SS 8,143±3,266 mg/L與1,703±848 mg/L間，屬高濃度有機廢水，且廢水中含有顆粒狀糞便，如泡水後糞便顆粒溶解，廢水濃度更高。此廢水經採用水車式固液分離機，將顆粒狀糞便加以取出，測試結果，水車式固液分離機對鹿糞尿廢水之處理效過，對COD、BOD與SS之去除率，分別為36.57%、15.71%及55.91%，顯示對鹿糞尿廢水中之固體去除效果好，厭棄處理方式也測定其適宜水利停留時間(HRT)與對COD、BOD及SS之去除率，經測試結果，在廢水進流濃度COD 7,522±2,697、BOD 656±239 mg/L及SS 5,519±1,647mg/L之情況下，其適宜之水力停留時間15天即可，對COD去除72.51%、BOD 85.06%、SS 91.79%，顯示效果去除良好，尤以厭棄處理對SS與TS之去除率都高，顯示對廢水中固體之沉澱效果好。採用三段式包括固液分離、厭氣處理及好氣處理模型場之測試結果，依據學者之報告指出，厭棄處理在HRT 5天之條件下，對COD去除率73.77%、BOD 79.48%、SS 87.61%，好氣處理之HRT 2.5天對COD去除率75.90%、BOD 87.77%、SS 81.12%，且放流水之COD 398±32 mg/L、BOD 28±11 mg/L、SS 88±11 mg/L，其能合乎環保法令之放流水標準BOD 80 mg/L、COD 450 mg/L及SS 150 mg/L以下。因此沖洗式鹿舍之廢水處理，仍以三段式廢水處理模式設置為宜。