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烏魚人工繁殖過程中，最重要的一環為種魚的確保。東港分所為進行人工繁殖工作，以掌握3種重要種魚來源：1、每年冬季沿西南海岸，作產卵迴游約3~5歲天然種魚。2、天然魚苗養殖在淡水魚溫達2年半以上，再移入海水中飼育者，亦可作為種魚。3.人工繁殖魚苗在海水魚塭或水泥池養殖，達2年半以上者亦可。目前仍以捕自天然海域者為主要來源。
由於漁民捕撈烏魚時，只求把握己入網的魚，而不問其死活，因此多由研究人員親自出海，乘裝有引擎的塑膠舢舨，前往選購正由圍網捕獲的天然種魚運回。至於自淡水魚溫運回者，應該選擇地點較近，魚體較健康的，運回後逐漸加入海水，使在繁殖季節前2-3個月，蓄養於海水中以助成熟。人工繁殖魚苗畜養2~3年而達成熟的，目前數目雖不多，但卻是將來種魚最可靠的來源。通常更具有耐操捕，能馴食配合飼料等優點，將來若能仿效畜產飼料，研究出專為培育種魚配製的飼料，相信更能連成確保種魚來源目的。