文旦柚具有自交不親和與單偽結果的特性，意即不需要花粉授粉也可以生成果實，此時果實內的種子發育不良，外型細小。但是由於文旦柚果樹開花時，容易因自然雜交而接受到其他外來的花粉，進而因授粉後的受精作用而使果實發育產生種子，此類為數眾多且外型較大的種子，將會造成消費者品嚐文旦柚時的不便，連帶影響消費意願。並且果實糖度也會因種子的生長而降低，果實外型也會變大。因此，在文旦柚果園的生產管理之上，應注意品種單一化，勿混植其他柑橘類果樹（特別是白柚），以免造成文旦柚果實內有又多又大的種子存在。關於此點，雖已是眾所周知的觀念，但仍有極少數的果園存在混植的情形，因此仍須注意予以砍除。