一旦從事文旦柚有機栽培，在果園的各項管理作業上，就必須符合「有機農產品生產規範－作物」所訂定之作業要點。就果園雜草控制而言，不允許使用化學合成的殺草劑，應該採用草生栽培的方法，配合人工或機械除草；而採用草生栽培，不僅有益於提高土壤有機質含量與促進土壤有益微生物之活動，也可改善土壤性狀，特別是柑桔類果樹對殺草劑較為敏感，更是不宜使用殺草劑來控制雜草；而從事有機栽培，則是完全禁止使用殺草劑。果園內草生栽培的管理模式，可以選擇原生草種就地利用的方法，也就是保留果園內現有的雜草種類，觀察篩選適合的草類予以保留，比如地毯草、鐵線草等生性溫和的草種；而對於生長旺盛、野性較強如牛筋草、香附子、稗草或蔓藤類如野牽牛等，就以人為方式個別清除。如此逐漸改變果園內的草種種類，將可逐漸地減少修剪割草等管理工作，使用原生草種也不用擔心環境的適應問題，所需的費用也較全面種植人工草種的方式經濟。除此之外，若干草種對於果園管理也可以有其他的效益，例如紫花霍香薊能夠提供蜜源，吸引紅蜘蛛的天敵捕植蟎，可以間接達到防治紅蜘蛛的效果。
果樹生育時期久，特別是文旦柚果園，動輒皆有十幾年以上的栽培歷史，因為長年使用化學肥料與各類防治藥劑的結果，容易造成果園內生態系統的弱化或失衡；特別是單一作物的大面積集中栽培，更會加劇問題的嚴重性。有機栽培雖則可以減緩對農業耕作對果園內環境的影響，給予休養生息的友善條件，但與其靜待環境條件的復原與多樣化，吾人或許可以嘗試介入環境變化的過程，選擇對自然環境與農業耕作有利的生物進行局部的釋放，說不定可以有正面的效果。例如農藥與化學肥料驅趕了土壤動物與微生物，而有機栽培的過程中，除了施用有機資材、增加土壤有機質含量以外，似乎也可以選擇性的釋放蚯蚓或枯草桿菌等有益生物或種植忌避作物，除了促進園內生物多樣性外，也可能帶來改良土壤或產生部分病蟲害控制等有利農業操作、具經濟效益的結果。至於設置生態庇護帶等，也是良好的選項，不過可能牽涉到病蟲害問題，仍須審慎面對。