由於目前文旦柚果園普遍以成年樹為主，因此其整枝修剪的作業要點，在於利用修剪以維持樹形，增加結果面積與改善樹冠內的微氣候條件。修剪可分為冬季修剪、夏季修剪與不定期修剪，冬季修剪的修剪量較多，應於每年12月後之低溫乾燥期間進行，將果樹地上部的徒長枝、乾枯枝、病蟲害枝、重疊密生枝、纖弱枝等無用枝條予以剪除。並注意各亞主枝上枝組與鄰近其他枝組間的位置關係，透過適當的修剪改善枝組間的光線透射與通風情況。之後再觀察枝組內各側枝與結果枝的分佈與生長狀況，對於生長過長的側枝，可進行短剪，以誘引萌發新枝，改進枝組內的空間利用。冬季修剪的修剪程度需視樹勢而定，原則上修剪量以不超過20％為主；對於剪除下來的殘枝，應加以清除，不可留置園內滋生病原。若干因亞主枝留存過多導致樹形不良的情況，也可利用冬季修剪的時機，將所欲清除的枝條分2～3年的時間，逐年截短清除之，以改造良好樹形。對於因長年生長或行株距過短所造成的相鄰果樹枝條重疊之現象，亦可利用此時予以短剪，使每株文旦柚果樹都能形成獨立單株，以維持整體果園內的日照通風良好與人員作業的便利。除了冬季修剪以外，夏季修剪則在於控制與整理本年份的枝條，以短剪與疏枝為主，去除無結果的纖弱枝條或春梢成熟後所產生的新的乾枯枝；部分春梢萌發後所產生的密生枝條或不需保留的徒長枝，也應予以短剪或清除。而對於結果期間因降雨或肥培不當所誘發的大量新生枝梢，則需不定期的予以剪除，以避免與果實競爭養分而影響果實品質。