雖然文旦柚植株生育強健並頗具耐受性，但仍會遭受若干病蟲害的影響，例如星天牛幼蟲會嚙食樹幹、木蝨蚜蟲等中間寄主可能會造成毒素病的傳播等，特別是如薊馬、黑點病等直接影響果實外觀的病蟲害，更是必需注意小心防治。每年文旦柚果園病蟲害防治作業的起點，可選在冬季氣溫較低，病蟲害抵抗力較差之時，配合整枝修剪結束後進行冬季清園作業，可有效降低來年病蟲害的發生密度，增加防治的效果，可謂事倍功半。作業時可使用夏油乳劑配合殺菌劑的使用，於冬季12月間進行。來年春季後隨著文旦柚的抽梢生長與開花結實，則需依序注意各類病蟲害的防治，例如春梢萌發期的蚜蟲、木蝨及粉蝨、文旦柚開花與小果期的薊馬、果實發育期的黑點病與星天牛潛葉蛾、果實成熟期的東方果實蠅等等。各類病蟲害之防治方法可參考行政院農業委員會編印的植物保護手冊。
果園的病蟲害防治作業，除了藥劑防治之外，亦可採用綜合防治的方法。改善果園的日照、通風與排水等栽培環境條件，採用適當的土壤管理與合理化施肥，配合良好的整枝修剪、進行冬季清園等田間作業等等，都可以增進樹體的健康與降低病蟲害的發生，進而減少藥劑的使用或降低噴藥的次數。除此之外，尚須注意各類殺菌劑、殺蟲劑、肥料與展著劑等藥劑噴施時的注意事項以及不同藥劑的混合順序，避免降低了噴藥的效果。此外，若干與病蟲害發生有關的因素也需注意，包括本年的氣候狀況與去年病蟲害的發生與防治情況等。例如民國92年即因降雨少而造成薊馬活動旺盛，進而嚴重影響文旦柚果實外觀；又如94年降雨較多，使得黑點病的發生情況就較為嚴重，而若今年的黑點病發生多，則在明年的防治上就應特別的注意。整體而言，影響病蟲害發生的因素很多，病蟲害的防治也不是固定不變的工作，應考量環境的整體狀況並適當的調整，可收經濟實惠之效。