ISSR（inter simple sequence repeat, ISSR）為一精確、穩定及再現性高的分子工具，本研究主要利用ISSR（inter simple sequence repeat, ISSR）作為分子鑑定之工具，常被用以評估物種各品系間的親緣關係。畜產試驗所飼料作物組近幾年來利用此穩定精確的分子工具進行試驗研究，分析畜產試驗所蒐集保存的數十個狼尾草與尼羅草種原品系，評估各品系間的親緣關係，建立一套快速、有效的雜交後裔之分子檢測方法。除了參試的狼尾草與尼羅草外，未來將可應用於其他禾本科牧草。本研究能解決育種程序中所面臨到種原親緣評估、譜系確立、品種鑑別等部份問題，因為健全釐清各品系間之譜系關係，可正確推估各雜交後裔之親本來源，避免無性繁殖作物新品種重複命名等困擾，作為品種鑑定之工具，提供請求品種權之客觀依據，並作為日後牧草育種上親本選拔與種原保存依據的評估工具。