穴盤育苗在播種前的種子處理經常被怱略，因為從種子處理到發芽這段期間的吸水與酵素代謝過程極其複雜，是肉眼看不到的微觀世界，也因此往往不被重視。種子處理的意思是在種子播種前的措施，如浸種、浸潤與環境控制等作業，其目的為促進種子萌芽。十字花科蔬菜種子最簡易的處理方法為浸種，是將種子直接浸泡在流動水中一段時間之後，取出種子將水瀝乾後再進行播種，浸種時間約2小時。瓜類蔬菜種子處理以浸潤取代浸種較為恰當，因其種子的胚乳大，直接浸泡在水中的浸種方法易致種皮破裂反而影響發芽。
種子浸種與浸潤等措施可提高種子發芽率與發芽整齊度，以及縮短發芽時間，是穴盤育苗上不可或缺的一環，也是提昇穴盤育苗產業生產效能的有效方法。因此，在穴盤育苗產業上，種子處理是育苗成功的首要關鍵，尤其是在夏季強光高溫環境下務必要進行，否則種子發芽率降低，發芽不整齊，不但影響育苗成功率，亦增加育苗成本。然而，種子經浸種與浸潤處理之後，種子吸水進行水化作用是不可逆的代謝反應，換句話說，種子若沒有即刻播種無法再貯存。再者吸水後的種子很脆弱容易受傷，也因此自動化播種至目前仍無法使用浸種的種子，在自動化育苗產業上是美中不足之事。