甜柿樹冬季修剪又稱為休眠修剪，可使養分集中、調整樹勢及促進通風，使留取的枝條充實後轉化為結果母枝，以提高翌年產量與品質。其中，一種直立的枝條伸長快速但不充實，稱為徒長枝（圖1），該枝條在成熟之前不易開花，且大量消耗樹體養分，應予剪除。修剪去除時，宜自基部強剪，切面要平整，剪除之粗狀枝條會留下大傷口，修剪後應在傷口表面塗抹殺菌劑、白膠或臘（圖2），防止病原菌感染。
翌年3～4月柿樹萌芽展葉時，前一年冬季修剪的剪鋸口周圍會萌發數個隱芽（圖3），隱芽壽命長且易萌發，可用於改造樹型或枝條更新。除欲留取之隱芽體外，其餘均應抹除，否則將長成簇生的徒長枝搶奪養分（圖4），導致生理落果影響產量及品質；該等隱芽應趁芽體萌動後至展葉期，枝條基部木質化前進行抹芽，此時期抹芽的傷口較平整，過晚進行傷口基部易形成凹穴，導致積水滋生病菌。
抹芽時視冬季修剪的剪鋸傷口大小，保留一到二個芽體，可藉由輸導組織維持作用，防止傷口組織枯死，有助於傷口的癒合，同時可避免芽體全數去除後，又立刻再萌芽的情形發生。芽體是否保留可依其生長方向而判斷，留下朝足夠生長空間、與其他枝條保持一定距離及可培養成理想樹形者（圖5及圖6），留取之新梢枝條伸長至15~20公分長時，視情況決定是否留作預備枝，再進行摘心或修剪，以避免其長成徒長枝。