黑腐病的學名為 Xanthomonas campestris pv. Campestris。英名：Black rot。花椰菜黑腐病為一種性菌性維管束病害，病原菌可存活於種子內藉由種子帶菌，或土壤介質傳播，亦可藉由田間病株殘體、灌溉水、雨水、農耕機具或動物昆蟲等進行遠距離傳播並可藉病株殘體於土壤中越冬。通常病原菌主要經由葉片邊緣之水孔侵入，經由細胞間隙進入導管中，初期出現的病徵為葉緣呈現Ｖ字形黃化現象或黃褐色病斑，感染之葉片組織開始黃化並由邊緣向主脈擴展，嚴重時主脈及網狀脈呈現黑色，造成葉片黃化枯萎及凋落並危害全部葉片，被害植株的維管束呈現黑色並逐漸延伸至主莖造成系統性感染，受感染葉片之基部在花椰菜花球成熟之前，提早形成離層而落葉。被害株株莖部除維管束變黑外並有黃色細菌滲出。病原菌可附著於種子種莢內部，種子表面受到污染，或經維管束到達種子而潛伏種子內部，當種子發芽時, 病原菌從子葉邊緣凹陷處之氣孔侵入感染造成子葉枯萎，病原菌藉由種子帶菌者經過二年以上仍具有致病的能力。另一傳播方法為田間殘病株殘存於土壤，當降雨時，經由飛濺至植株，再經由葉片邊緣之水孔侵入，逐步蔓延至導管及組織中，或經由灌溉水飛濺傳播而造成大面積危害，而經由傷口侵入者則在葉部不同地方出現褐色不規則病斑，為一種系統性病害。本病為許多十字花科之共同病害，亦可感染甘藍、蘿蔔、蕪菁、芥藍和青花菜等十字花科作物。黑腐病在高溫多濕的季節最容易發生，以溫度20℃以上及濕度80℃以上為最適合發病的環境，全年以6月至11月之高溫多雨季節時最為嚴重，在平地終年皆有發生的情形。

花椰菜黑腐病防治方法
（1）10﹪維利黴素溶液600倍稀釋液，發病初期開始施藥，每隔7天施藥一次，連續四次。
（2）81.3﹪嘉賜銅可濕性粉劑（Kasugamycin+Copper oxychloride）1000倍稀釋液，發病初期開始施藥，每隔7天施藥一次，連續三次。
（3）種子消毒，以0.6%醋酸，2.9%硫酸鋅及一小滴Tween-20， 38~40℃溫水浸種20分鐘，水洗風乾後播種；或52℃溫水，浸泡30分鐘或醋酸銅溶液於35-40℃浸泡20分鐘。
（4）穴盤育苗選用乾淨介質，發病之穴盤避免重複使用。
（5）夏季時可於種植畦面四周鋪稻草或春、秋及冬季時可利用銀黑色塑膠布，降低或阻隔土壤中之病原菌飛濺而造成的感染植株。
（6）避免在感病田中採種，最好在無感病田中採種，且採種田宜設在雨水較少的地區以及田間排水良好的地方，以避免病原菌經由雨水傳播飛濺。
（7）病株宜發現初期及早拔除，並將罹病植株拔除燒毀。
（8）避免連作，可與非寄主作物輪作。
（9）良好蟲害管理以防治媒介昆蟲造成植株傷口。
（10）用藥前請參考並確認植物保護手冊登記用藥，相互交替使用。