台灣地處亞熱帶，高溫多濕，雜草與水稻間的競爭極為嚴重，常造成減產及品質之降低，對水稻有機栽培實施，帶來嚴峻的考驗，且雜草管理約佔生產成本10〜30%。由此可知，水稻有機栽培雜草管理之重要性。水稻田雜草主要為稗草、鴨舌草、尖瓣花、螢藺、球花蒿草、野茨菰、水莧菜、紅骨草及雲林莞草等。有機稻田雜草管理方式包括：
1.接種滿江紅：插秧後立即施放滿江紅，每公頃用量為1000公斤(一期作) ~2000 公斤(二期作)，滿江紅施用量越多，則越快露蓋滿田間更能控制雜草萌發或生長。滿江紅由於接種量多，需事先準備一塊繁殖田(1公頃用量需0.03~0.06公頃)繁殖，供接種用。
2.飼養鴨子：每公頃飼養100隻，飼養密度過高易造成稻葉被啄食，一期作於插秧後15-20天，二期作則為7~10天將幼鴨放養於水田中覓食，雛鴨以飼雞精飼料為主，野放至稻田後則改以麥片混合玉米粒每天餵食一餐(下午)。利用鴨子在水田中行走或游走，將田水渾濁，抑制雜草萌芽，達成防除雜草目的。為避免鴨子啄食稻穗，必須在抽穗時，將鴨子全部趕出稻田至它處。
3.機械除草：以水田式中耕除草機，於田間湛水約1-2公分時，實施行間除草，利用行進間攪動田水與淺層土(約5公分)混合呈糊狀，將初期萌發的雜草幼苗掩埋入土內，使用時期分別為一期作於插秧後14天及21天；二期作則於插秧後7天及14天，二期作因雜草量及萌發速度快，可視田面情形再施作一次。水田式中耕除草機對於株間除草較困難，無法操作，故株間除草仍需依賴人工除草。
4.高溫防除法：以未腐熟植物性粕類如大豆粕，利用醱酵過程造成水中缺氧及水面渾濁，以抑制雜草種子萌發。應用方式為插秧後先行補植，再行灌水水深1-2公分，人員站立於田埂，以動力施肥機均勻噴施，每公頃施用800-1,000公斤。惟此方法如遇下雨，會使已渾濁田面被雨水沖淡而無效果。
5.重複整地法：插秧前12~15天進行第一次整地 (粗耕、細耕及耙平一次完成) ，隨即淺灌保持田面4-5公分有水，讓田間自然排掉水分，使雜草種子發芽，至插秧前3天再進行第二次整地(細耕及耙平)，此時田區已長出雜草必須完全耕犁入土內，避免耕犁後灌溉水，使幼嫩雜草浮在水面。此方式受限於第一期作氣溫低，雜草不易萌芽，而不適用。
6.敷蓋稻殼：於插秧後3天，每公頃敷蓋4,000公斤稻殼，並進行淹水處理，因稻殼吸水後會下沉，而敷蓋於土表，使種子無法發芽，此方式受限於有機稻殼取得不易，且施用如在田埂撒施不便，必須讓人員拿著稻殼踩入水田，且來回行走腳痕易造成土面隆起無法浸水而長出雜草。
7.人工除草：人工除草為水田傳統的除草方法，雖然效果不錯，但每公頃約需150~250小時，工作效率低，顯著增加成本支出。
由「雜草若是除的完，就不用作農了」這句俗諺，即可深刻體會雜草之韌性，及農民除草的無奈。目前水稻有機栽培雜草管理技術；首先預防雜草侵入及繁殖的預防性防治，主要注意作物種子的清潔是否有夾雜稗草種子、有機肥料的清潔、收穫機械的清潔及灌溉水源。其次配合栽培管理方式，飼養鴨子，並利用水田式中耕除草機等，以控制雜草減少為害。水稻有機栽培雜草管理，首重於田區雜草必須在其開花前處理完畢，如此可減少稻田內雜草種子量。雜草管理過程必須採取綜合性管理方式，以二種或二種以上共同操作實施，如利用飼養鴨子加上水田式機械除草，則效果更好，對於控制雜草工作更能勝任。