水稻生育全程灌排水管理技術，與水稻產量及稻米品質有密切的關係，一般而言秈稻品種較稉稻品種耐旱，臺灣推廣的水稻品種當中以台稉9號最不耐旱，因此栽培過程當中需特別針對品種特性進行灌排水管理。水稻依不同生育階段，所施予的灌排水管理技術不同，在水稻插秧後必須給予長時間的湛水管理，一期作持續的時間約30～35天，二期作則約20～25天，灌水深度為4～6公分，其原因包括：1.一期作插秧後低溫，二期作插秧後高溫，如給予湛水管理，可以有效緩衝環境對水稻生育初期所造成的不利影響。2.有效提供水稻生育所需的水份及養份，使水稻順利生長及分蘗。3.湛水可以造成土壤的還原狀態，土壤中無足量的氧氣，使雜草種子不能獲得足夠能量啟動生命機制，以抑制雜草種子的發芽，達到有效控制雜草之目的。水稻生育初期如因灌水不當或水源不足，致使水稻田常處於排水狀態，將因養份有效性降低，造成水稻養份吸收不足，降低水稻之有效分蘗，進而嚴重影響產量。
窒息病是目前臺灣普遍發生之生理病害，最常發生在二期作生育初期，其原因為一期稻草掩埋不當所致，在湛水情況下造成氧化還原電位急速降低，使土壤中還原過多的有毒物質(例如硫化氫)，致使根系壞死，嚴重影響地上部水稻植株生育甚至死亡。當水稻生育初期發生窒息病時，則必須進行極端的排水管理，將稻田實行充分晒田，使土壤中的有機質因氧氣存在快速分解，並提高氧化還原電位以避免有毒物質產生。晒田持續時間則視窒息病發生的程度而定，當窒息病發生嚴重時，則晒田可持續至臨時萎凋點為止。
一期作約插秧後35～40天，二期作約20～25天，必須力行晒田，使田區充份龜裂，晒田時間可持續一星期，但期間必須注意水稻葉片是否捲屈，當發現時必需立即給予灌水。晒田是水稻有機栽培過程當中非常重要的工作，其原因包括：1.晒田可造成土壤中水份不足，促使水稻根系往下紮根，不僅可以有效預防水稻生育後期倒伏，更可充份利用較深層的土壤養份，有利於水稻後續之生長。2.晒田可以造成水稻水份及養份吸收不足，而產生生育短暫停滯現象，以有效抑制水稻之無效分蘗及植株過度抽高，並加強植株的硬度，以避免水稻生育後期倒伏。3.水稻施行有機栽培，土壤因長期湛水造成過度還原狀態，土壤中可能累積有毒物質，不利於水稻生長，晒田則有利於氧化分解。
水稻生育全程有二個階段需要約7公分的深水灌溉，一是幼穗分化期(幼穗形成約0.2公分時)，一是抽穗期。幼穗分化期是水稻一穗粒數及雄蕊與雌蕊分化形成最重要的時期，此時需要大量的水份及養份供應，才能確保一穗粒數及稔實率。抽穗期則因抽穗、開穎及授粉均需大量的水份及養份供應，因此必須深水灌溉。水稻孕穗期則採行輪灌即可。
水稻齊穗後植株最上部三片葉子為主要進行光合作用生產之碳水化合物的工廠，需仰賴充足的水分輸送轉存至穀粒，使穀粒飽滿，故此一時期又稱為灌漿期，仍應採用3至5公分的淺水灌溉至抽穗後第18天為止。然而此種湛水管理方式並非決對的，必須要看水稻齊穗後的植株型態而定，如水稻齊穗後植株葉色仍過於濃綠，代表此時水稻已吸收過量的氮肥，如再給予湛水管理，則水稻生育後期則可能倒扶，病蟲害也較容易發生，同時米粒因吸收太多的氮肥，會降低其食味品質，所以當發現水稻齊穗後植株葉色仍過於濃綠時，不宜採用湛水管理，應該採用輪灌方式，必可有效降低土壤中氮素含量，使水稻減緩對氮素的吸收，提升稻米食味品質，並可加強植株健壯，降低病蟲的危害，對水稻產量也不會有明顯的影響。
水稻抽穗後約18天開始進入黃熟期，此時上部葉仍繼續進行光合作用合成碳水化合物，故此時仍不宜太早斷水，以免穀粒充實不飽滿，應採用3至5天之輪灌，直至收穫前5至7天，以避免心腹白增加，影響稻米品質。