有機米收穫要特別注意收穫機內部清理，勿與一般化學栽培稻穀混雜。水稻收割最適時期為穀粒均成金黃色，僅在穗的基部有2～3粒為黃綠色時最適宜。如太早收割則青米率增加，稻穀容重量亦會降低；太晚收割則米粒容易胴裂，特別是第二期作會顯著增加直鏈澱粉含量，而影響食味品質，因此水稻應適時收穫為宜。水稻收割後稻穀應立即進行乾燥，避免於高溫環境下堆積過久，若因乾燥機容量不足或收穫之稻穀數量不足，無法立即進行乾燥時應將濕稻穀儲存於暫存桶中並進行通風處理，以避免稻穀溫上升致使品質下降。稻穀乾燥時循環式乾燥機採三段變溫烘乾較為理想，剛收穫之稻穀先以定溫55℃進行烘乾，待稻穀含水率降低至20%時，再以50℃繼續烘乾，至稻穀含水率降低至16%時，再以定溫45～47℃進行烘乾，而至稻穀含水率14～15%時為止，而後俟稻穀於烘乾機中降至常溫，再行卸穀，如此可確保食味品質，及提高碾米之完整米率。