玉米行有機栽培可採用建立良好之耕作制度、施用有機質肥料、選用抗病品種並配合早種、肥培管理、採用生物防治、拮抗菌的利用及使用天然殺蟲菌資材等方法綜合管理。
1.建立良好之耕作制度：單一作物如連續栽培，其吸收相同養分，會造成土壤中養分快速損失，最後必須仰賴大量肥料補充，就形成一般栽培法施用化學肥料增加的原因，如採用水稻與食用玉米輪作，可以改善土壤理化性，減輕病蟲害及雜草發生，使水稻及食用玉米生育健壯。
2.施用有機質肥料：玉米為氮素需耗性強之作物，其前作儘可能種植苕子等豆科綠肥，能固定空氣中氮素，並將其有機成分還原至土壤，供後作吸收利用。基肥施用花生粕可提供玉米生育初期所需之氮素，可提高其產量及品質。夏作輪作綠肥可提高地力，有利超甜玉米有機栽培，夏作田菁可使秋作玉米增產20％。田菁不怕浸水，易栽培，生長迅速，每公頃種子量30公斤，於水稻收穫前1～2天撒播於稻田，播種後60天，株高約160公分，於秋作玉米播種前25天耕埋入土中分解。每公頃鮮草重可達35公噸，乾重4,218公斤（N-P2O5-K2O=1.84％-0.17％-1.67％），可增加土壤中植物生長所須養分每公頃N-P2O5-K2O =78kg-7kg-70kg。腐熟有機肥如雞糞堆肥於播種前全部施入土中。有機肥須經過發酵腐熟之自製堆肥或登記合格有案者。
3.選用抗病蟲品種並配合早種：如台農1號、台南24號及台南26號。
4.肥培管理：食用玉米採用有機栽培，除基肥施用花生粕外，生育初期（播種後15~20天）利用鋤頭進行田間除草工作。生育中期（播種30~35天）利用中耕管理機進行中耕除草作業；隔2週後施用追肥並用中耕機進行培土作業。田間雜草，以中耕培土方式防除，生育期間共中耕二次。第一次為播種後15天，株高15公分時在畦溝及畦面行中淺耕培土，第二次為播種後30天，株高40公分時，以大型中耕培土機舉行。超甜玉米生育期間，適當灌水可促進生育，提高產量及品質。一般灌溉是在播種後15天行舉行，後每隔15天灌溉一次，吐絲期至乳熟期，則每隔12~15天灌溉一次，共灌溉4~5次，若下雨可視情況酌減灌溉次數，並注意田間排水。
5.採用生物防治：釋放赤眼卵寄生蜂片以防治玉米螟；利用性費洛蒙防治斜紋夜盜蛾；利用蘇力菌防治鱗翅目害蟲；利用白殭菌防治亞洲玉米螟等，分述如下：
（1）釋放赤眼卵寄生蜂片以防治玉米螟
飼料及青割玉米每公頃蜂片釋放量為75片，自播種後20~25天起釋放，每隔8天釋放1次，至雄花抽出時為止，共釋放4次，計釋放蜂片300片，並在輪生初期（一般約種植後30~35天）及後期（一般約種植後40~45天）各施用粒狀藥劑1次。粒狀藥劑選用請參考《植物保護手冊》。
甜玉米每公頃蜂片釋放量為150片，自播種後20~25天起釋放，每隔7天釋放1次，至雄花抽出時為止，連續釋放4次，共釋放蜂片600片，雄花孕穗期拔除全圃1/2~3/5之雄花，輪生初期（一般約種植後20~25天）使用低毒性藥劑噴灑1次，並於輪生後期（一般約種植後30~35天），授粉期使用低毒性藥劑噴灑1次，並於輪生後期、授粉期及乳熟期各施用蘇力菌噴施1次綜合防治玉米螟。蘇力菌不宜在烈日下噴灑，應在傍晚或陰涼天氣舉行，並加展著劑，以提高防治效果。蜂片未釋放前或其他因素而未能即時釋放時，應貯存於5-6℃冰箱底層內，避免羽化。
（2）利用性費洛蒙防治斜紋夜盜蛾
昆蟲性費洛蒙具有揮發性，可經空氣及空氣中的水擴散到遠距離，估計在1 立方厘米空氣中，只需有數百個性費洛蒙分子，雄蟲即可感知性費洛蒙的存在，尋線找到雌蟲的位置；且由於性費洛蒙結構於空氣中易於氧化及光分解，使性費洛蒙具無毒性、種別專一性，微量即有效性特性。
斜紋夜蛾性費洛蒙誘餌之防治對象為斜紋夜蛾。監測時，採用竹桿插立土中，再將誘蟲器擊掛於離地約1.5公尺處，每區設置2個性費洛蒙誘蟲器。大量誘殺時，每公頃設置4~8 個幼蟲器。誘餌每4~6 週加置1個。誘蟲器可使用中改式、水盤式或寶特瓶式，寶特瓶式誘殺器開口內陷口徑斜夜蛾以0.5~ 0.8公分最適宜。
（3）利用蘇力菌防治鱗翅目害蟲
蘇力菌在 1911年由德國人Thuringia 在地中海粉螟（Ephestia Kuehniella）幼蟲體內分離出致病的病源菌，於1915年把這種造成昆蟲生病的細菌命名為蘇力菌，這是一種昆蟲病原菌，會產生殺蟲結晶毒蛋白，具有專一性的殺蟲效果，並且對昆蟲以外的生物完全無傷害，因此蘇力菌的專一性和作用機制，被認為是蟲害防治的一種安全選擇，一直是有害生物綜合管理較佳的防治方法。可用於防治鱗翅目（玉米穗蟲、斜紋夜盜、甜菜夜蛾）幼蟲。使用蘇力菌無安全採收期之限制，可隨時採收，是一種安全、無殘毒又環保的植物保護劑，對於講求不使用化學農藥的有機栽培，蘇力菌是目前唯一通過農藥管理註冊登記之生物性殺蟲劑。
蘇力菌之使用係於全圃去除雄花1/2後及吐絲期、授粉期與乳熟期各施用蘇力菌一次（藥劑請參考下表任選一種使用），施用時務必噴灑及心葉與穗部，並應選擇於傍晚時分或陰涼之天氣實施。

藥劑名稱	稀釋倍數	每次公頃 用藥量	注意事項
蘇力菌16,000IU/mg可濕性粉劑	600倍	1.2~2.0公斤	施用時添加展著劑Yamato 3,000倍。
蘇力菌32,000IU/mg水分散型粒劑	3,000倍	0.3~0.4公斤	施用時須添加展著劑「力道威」3,000倍。
蘇力菌16,000IU/mg粒劑		5公斤
3.8％蘇力菌可濕性粉劑	1,000倍	1公斤

（4）利用白殭菌防治亞洲玉米螟
本土之白殭菌可以便宜之培養基上產孢良好，進一步經實驗室及田間試驗證實確具防治潛力。白殭菌除可防治玉米螟外並可防治甜菜夜蛾、南黃薊馬、水稻象鼻蟲。
6.拮抗菌的利用：以枯草菌防治白粉病為例，枯草桿菌（Bacillus Subtihis）是一種土壤及植物根圈附近常見之腐生菌。本菌部分菌株具有抗植物病原菌的特性，培養後又能產生內生胞子可供長久保存，因此頗具有發展成製劑之潛能。Bavillus Subtilis Y 1336系財團法人生物技術開發中心於屏東枋山土壤所分離的菌株，在對峙培養及溫室試驗中強烈抑制灰黴病菌、白粉菌、露菌及銹病之生長，進一步研究顯示其有效物質為iturin，係一種環狀短蛋白脂類，發酵製劑後已轉移民間廠商生產，作為白粉病的防治藥劑。
7.使用天然殺蟲菌資材：利用天然生產或培養出來的材料或其萃取或加工製成可以防治病蟲害的物質有糖醋液及木醋液，分述如下：
（1）糖醋液
糖醋液就是黑糖酵素液與釀造醋的混合液。它的防蛾治病作用主要依靠黑糖酵素液中之糖類、微生物和醋，一般咀嚼式或吸收式口器服食太多醣類會發生腹瀉，而產生拒食或死亡，微生物則會使其致病而死，醋在高濃度下有直接殺菌作用，為提高病蟲害防治效果，可酌加蒜頭浸泡液及辣椒浸泡液。
（2）木醋液
將稻穀或木材燜燒，使其排煙氣冷變液體，收集起來就是粗製木醋液。需靜置6 個月過濾，再加木炭粉或活性炭處理再過濾就成為精製木醋液，其主要成分是醋酸，另外含有其他多種化學物質。
其他如薊馬之危害，可於輪生初期施用苦煉精2,500倍液，每次每公頃藥量400㏄；輪生後期若發生蚜蟲亦可施用苦煉精 2,500倍液，每次每公頃藥量400㏄；銹病及葉斑病：易在輪生後期發生，可噴灑丁香油400倍，每次每公頃2.5公升，與防治螟蟲及蚜蟲同時噴施。