茭白筍食用部位為肥大的肉質莖，茭白筍的形成與一種名為『黑穗菌』的真菌有密切關係，茭白筍植株由於黑穗菌的寄生與刺激，莖部膨大形成顏色潔白，質軟味美的筍狀嫩莖，因此茭白筍(菰)與黑穗菌間是一種真共生關係(Eusymbiotic)。

        有些茭白筍植株過於強健，或是用藥失當，導致黑穗菌無法侵入寄生，茭白筍便會一直行營養生長，而且會抽穗開花但無法孕筍，成為所為『雄株或公株』。公株在高溫、少日照、氮肥施用過量時皆容易發生，公株莖稍能抽穗開花，花序為圓錐花序，雌雄同花。但是開花株因本身分裂中期染色體分裂不均，導致不稔，所以台灣地區幾乎無見其產生種子。如果茭白筍已生長至適當大小未採收，筍肉會因為黑穗菌產生厚壁孢子而有黑點我們稱為灰茭，農民俗稱『黑心』，商品價值降低。茭白筍切開後會有黑色的許多小點，那是黑穗菌成熟孢子，不是坊間流傳所說是茭白筍的種子，目前的醫學研究對於食用此些黑點的茭白筍而言，對於人體並無正向或是負面的作。

        經由組織切片觀察，茭白筍幼莖內菌絲在發育成為菌腔並產生厚壁孢子時，菌腔周圍有許多異常形成層被誘導生成，此些形成層的快速分裂造成筍莖的膨大。茭白筍組織內抽取並鑑定為IAA，不同成熟度之筍所含IAA量以較幼嫩筍為高，而在同一筍內IAA含量之分布以筍基較高，開花莖所含IAA量遠較結筍組織為低，由筍組織分離出黑穗菌亦可在培養基產生IAA，因此茭白筍的幼莖膨大與所寄生的黑穗菌分泌的IAA有關。

        凡是被黑穗菌感染的茭白筍植株，其地下莖肉都含有黑穗菌的菌絲體，春季生長萌芽時，菌絲體便會移至新芽中，與生長點一起向上生長，等到溫度合適時，菌絲體迅速生長，莖部受到病菌分泌生長素(Auxin)等荷爾蒙物質刺激，嫩莖薄璧細胞之分裂增加三倍，細胞體積增加15倍，逐漸形成一個長紡錘形的菌癭，同時葉片行光合作用製造的養分也都轉移集中貯藏於此，而形成肥大可供食用的組織，即為茭白筍。