收穫後之小米，會結成一束或分散置於鋪帆布之地面進行自然乾燥，約需耗費3~5天，亦可裝入尼龍網袋中進行乾燥，以防止碎石參入，若以烘乾機進行乾燥，溫度ㄧ般設於40~45度左右，乾燥直至種子水分含量達13%。後續利用錘刀式粉碎機進行脫粒作業，錘刀利用高速旋轉的慣性力持續敲擊穀物穂稉，達成粉碎穂稉、強迫脫粒的效果，再以鼓風機及細網篩除細枝後取得純淨之籽粒。或可利用傳統水稻脫穀機，直接進行濕榖脫粒，但小米之籽實較水稻輕，不適用脫穀機附掛之鼓風機，需將其皮帶拆除，或調整風量至最小，曬乾後需再使用細網過篩，再行脫殼。小米的脫殼作業可利用市售平價小型碾米機，因是以磨擦原理脫殼，故需重複進行3~4次作業，每8小時處理量約為100公斤，作業繁瑣費工。故可改以利用小米脫粒脫殼一貫化作業省工機械，以特製的篩網及旋風分離桶，進行篩選及輸送，將脫粒及多段脫殼作業串聯，節省反覆進料的時間花費，經多段脫殼及風選後，再進入選別機以去除石頭等雜質，一貫化機械之作業效率較過去以人工分次進料可提升效率約3.5倍以上。亦可採用速度快，去雜效率高之進口小型碾米機。

       小米之儲藏品質、營養成分及糊化特性受儲藏時間、儲藏溫度、種子水分含量及包裝方法等因素影響，其品質會隨儲藏時間下降，各項評估指標受溫度及種子水分含量的影響較明顯，包裝方法影響較小，在相同種子水分含量及儲藏溫度下，真空包裝較ㄧ般包裝效果佳，因此，透過控制儲藏溫度及種子含水量能維持較好的籽實品質，包裝方法則能發揮一定的緩解作用。ㄧ般儲藏多以兩層包裝袋形式密封，內層為PE塑膠袋，外層為飼料袋，或以真空包裝形式儲藏，於乾燥通風、真空包裝完整之常溫條件下，可保存一年，冷藏可延長保存期限。