臺灣藜之肥料三要素推薦量為每公頃氮素80-120公斤，磷酐40-80公斤，氧化鉀80-120公斤，可依據合理產量與田區土壤肥力推估施肥量，肥力較高的土壤，建議採用最低推薦量施用，以減少資源浪費。肥料施用分為基肥與追肥兩種施肥作業，一般土壤的基肥以全量磷肥及半量之氮、鉀肥全面撒施與土壤混合後開溝或作畦；砂質土壤以全量磷肥，30%氮肥及40%鉀肥作為基肥；剩餘肥料則作為追肥使用，於臺灣藜株高達30-40公分時，條施於畦中間或株旁。