1753年林奈氏(Linnaeus)將番茄分類在茄屬(genus: Solanum)，學名為Solanum lycopersicum。1768年Philip Miller 則有不同見解，將番茄獨立為番茄屬(genus: Lycopersicon)，學名為Lycopersicon esculentum。它與茄屬不同在於花藥形態上，番茄屬的雄蕊通常是5個花藥，少數是6個，雄蕊連接在一起形成圓錐形藥筒(如附圖)，為該屬特徵。本屬所有種之染色體組是2n＝2X＝24。這學名至此延用至2000年代。1881年H. Karest 再將番茄學名改為Lycopersicon lycopersicum (L.)，雖然分類上可能較為正確，但除了種子目錄上幾乎無人使用。但到2000年以後，經由分子遺傳分析發現，認為番茄應該屬於茄屬，學名再改為Solanum lycopersicum，雖有不同意見，但在2000年以後之文獻，多以後者表示。