決定根節蘭育種目標，花開後應隨時停止觀賞而開始交配作業，以免失去良機。因為花粉、柱頭均有壽命，因此將花粉塊交配於柱頭的最佳時期，不論春季花種或夏季花種都在開花後二天至五天之間。若偏離這佳期，花粉將不發芽，以致不能受精。延遲交配期，子房可能受花粉的賀爾蒙物質的刺激而發育，得到外觀上正常的莢果，但是種子為無胚性種子。
春季開花種交配時，溫度條件不成問題，夏季開花種在高溫下受粉經常不成功，原因可能是在高溫下花粉、柱頭降低活力，因此授粉作業宜在盛夏前，或十月後實施。