種內交雜是在同一種內進行交配的，例如黃根節蘭與黃根節蘭的交配組合。同一種因自然狀態下兄妹交或雜交後代個體其花色變異多彩,色調變化較微妙。由於存在這種變異性，可期待藉由種內交配出現不同色彩的種內交雜種。藉由育種達到的目標包括；經過花卉色彩純化或加深而形成高純度色調，更深色化，改變花色與花形的搭配，花卉與唇瓣的配色改變等效果。如此育出的優質個體，也可以利用做與他種之間種間雜交時的交配親。例如白鶴蘭原生族群雜交之實生苗花色變異多樣，色調和色濃度之微妙差異，其花形，花瓣的形狀、大小也有個體差異。從實生苗中可篩檢出更具觀賞優值的白鶴蘭，種內雜交育出之實生後裔亦可增殖且保育原種。
人工原種內的種內交配並不多，往後應積極考量優質個體的種內交配，因為從原生種篩選優良個體的機率將愈來愈困難。