係近年來發展、引起廣泛關注的新方法，是使用對環境無汙染疑慮的酵素，包括纖維素酶(Cellulase)、蛋白酶(Protease)、澱粉酶(Amylase)，以水解法破壞油脂細胞壁及油體(Oil body)的膜，促使油脂易於釋出、提高萃油率，其最大特色是在萃取過程中，同時分離了原料中的蛋白質及其水解產物與碳水化合物。該法具有設備簡單、操作安全、條件溫和，且無使用有機溶劑、殘留溶劑的優點。