蘭嶼豬引入後，以群養逢機配種的方式圈飼，期間不時注意到全黑的豬群偶有出現花斑外觀的後裔。考量到維持蘭嶼豬全黑外觀的品種特性，以及不確定花斑個體是否伴隨缺陷基因之疑慮，於民國82年起把蘭嶼豬族群中花斑仔豬隔離出來另成一群，花斑個體生長繁殖正常，子代全為花斑外觀，經由回交試驗確認花斑毛色屬純合子遺傳，黑色的親代為雜合子個體。

 

針對這些花斑個體，採隔離選育與近親配種方式，育成花斑外觀的蘭嶼豬，該品種於民國92年以「畜試花斑豬」(品種代碼：Lanyu 100)通過種原登記，正式成為我國新的小型豬品種。