保種計畫之目的不僅要延續種原的生命，更要有效合宜的管理。保種的方法除傳統的活體飼養繁殖外，尚有遺傳物質、體細胞、生殖細胞與胚的冷凍保存等方式。

在繁殖管理方面，早期保種畜群採行逢機配種制度(random mating system)，試圖讓下一代有多樣的遺傳組合。近年利用微衛星(microsatellite)標記之分子生物技術來探討蘭嶼豬族群內之親緣關係，分析族群內個體間的遺傳變異及遺傳距離等資料，選配遺傳距離較遠的特定個體，施以分群輪替配種，藉以維持保種族群之基因的多樣性，減少基因漂流減損。