藥用真菌對人體健康之幫助主要可分為六大類，其中包含：對心血管系統之作用、對消化系統之作用、對呼吸系統之作用、對神經系統之作用、對擬血與血栓之作用、其他(如：抗輻射、抗癌、增強免疫力、改善內分泌)等

對心血管系統之作用
主要之功能如靈芝之子實體萃出物對心肌缺血有保護之作用，進而對心腦血管有相關之保護作用；香菇多糖、冬蟲夏草菌絲體、靈芝多醣、銀耳多醣、舞菇多糖等菇類多醣，對於降血脂與預防動脈硬化有所幫助。

對消化系統之作用
樟芝、雲芝、靈芝、銀耳、香菇、猴頭菇與蟲草等之子實體或發酵液萃取物對對肝臟具有保護作用，可適當降低肝臟發炎之情形；猴頭菇的子實體對消化性潰瘍病之治療有輔助之功效。

對呼吸系統之作用
蟲草自古以來一直被視為為養腎潤肺的藥材，目前之研究發現對於氣喘患者之支氣管擴張有部分功效，因此可減少氣喘的發生；靈芝在古代也被視為具有鎮咳、去痰、平喘等功效，其主要之原因在於其具有豐富之三萜類，因此對於喉頭發炎具有消炎的功效；另外銀耳在古代也被認為具有潤肺補腎之功效，其主要之原因在於其具有豐富之多醣體，因此可協助增強免疫力和調整體質。

對神經系統之作用
冬蟲夏草發酵液在大陸地區之研究發現具有鎮痛、安神之功效，而靈芝也因其具有抗發炎之功效因此具有鎮痛之功效，而密環菌所共生產生之天麻，在古代藥典中也被視為具有鎮靜、安神與舒眠之功效。

對凝血與血栓之作用
靈芝的子實體在中醫的觀點認為具有活血之功效，其原因在其萃取物具有抗凝血之功能，因此可避免血栓之形成，也因此如是出血性中風要避免服用靈芝；而銀耳之多唐提除可降低血脂外，還具有抗血栓與纖維蛋白質血栓形成之功能。

其他功能
靈芝、銀耳、雲芝、冬蟲夏草等子實體因具有良好之抗氧化功能，因此對於輻射線照紹之老鼠具有避免輻射危害之功效，香菇、靈芝之萃取物具有增強免疫力與防癌之功效，目前在日本甚至有抽取香菇之重要成分香菇精來作為抗癌藥物之案例，此外靈芝對於腎上激素之調節、冬蟲夏草對於雄性激素之調節、木耳、銀耳、猴頭菇等與血糖調節都有相關之研究報告。

中國古代醫學中常強調藥食同源，其中菇類就是其最佳之證明，像木耳在神農百草經中就已有記載，但目前也是國人飲食中不可或缺的重要食材，因此若能常服用菇類或其相關養生保健品，相信可有效改善國人之身體健康。