台灣菇類發展協會為國內目前主要為菇農發生之農民團體，其組織架構過去主要為香菇栽培業者，然近幾年由於許多新興菇類之問世，也使得菇類發展協會吸收更多不同品系之菇農，以下將簡單介紹台灣菇類發展協會之沿革。
一、早期職業工會時期（民國76年前）：
當時國內主要栽培菇類包含：洋菇、鮑魚菇、香菇、段木香菇與木耳等。此一時期的農民團體主要是各縣市內部之菇類職業公會，而此一時期由於菇類產業，對內栽培上有政府扶持，對外由於當時國際貿易並不興盛，因此並沒有其他國家之競爭，所以當時成立此組織主要係提供菇農或農企業之僱工，加入勞保為主。
二、香菇自救會時期（民國76年～80年）：
香菇自救會是當時菇農自行成立之臨時組織，主要由當時台中縣新社鄉之菇農發起，其發起之原因來自於，當時兩岸剛開放，因此許多不肖業者自大陸走私便宜之大陸香菇，此些香菇不僅影響台灣香菇之市場行情，使菇農生計受到影響，由於此些香菇走私過程中，並未經過適當之保鮮處理與冷藏，因此常產生黴變或是需要添加許多藥劑來避免香菇變質，因此戕害消費者之健康，因此該自救會之主要為阻止大陸乾香菇走私，並且要求政府應加強走私查緝。而在這一年也改變台灣乾香菇的形態，也由過去將菇柄轉向之方式（轉腳），改變為去除菇柄之方式（剪腳）。
三、中期職業工會時期（民國80年~82年）：
由於香菇自救會為菇農之臨時性組織，在經與政府協商表達意見後，該組織之功能逐漸沒落，而此時相關業務也漸漸轉移回到台中縣和南投縣的菇類職業工會中，由於工會組織較健全，且具有動員之能力，因此對於菇類產業之權益相當重視，也因此除了勞保業務外，為了保障菇農之權益，也開始與農政單位有文書來往，並成為菇類產業之發聲筒。
四、台灣省香菇研究發展協會（民國82~90年）：
此一時期由於大陸走私之香菇更加猖狂，並有假借日本進行轉口走私，對於菇農與國人傷害甚大，因此在此時台中縣與南投香菇類職業公會即考慮成立專職之協會來替菇農發聲，因此台灣省香菇發展協會就應運而生，然在此時加入之菇農並非全是香菇栽培業者，其中還包含菌種業者、太空包製作業者、金針菇業者與其他菇類業者等；雖然該協會當時掛上研究兩字，但主要之功能是作為菇農和政府間的窗口，主要仍是以保護菇農權益為主，而研究部分主要係提供國內菇農交流與討論之平台，並未實際涉及研究工作。
五、台灣菇類發展協會（民國91年~）：
此一時期台灣菇類也進入興盛時期，多種菇類開始百花齊放，如：杏鮑菇、秀珍菇、雞腿菇、柳松菇、珊瑚菇等新興菇類相繼販售，協會鑑於當時台灣菇類的發展趨向多 元化，新興菇類漸多，為保障更多菇農權益，遂改為現在的名稱，而此時台灣菇類面靈之挑戰也更多，對內此時國內菇類研究人力短缺，對外除走私香菇不斷影響國內外，在WTO開放後，國際貿易更加興盛，也因此有業者大量進口韓國低價之杏鮑菇與金針菇影響國內市場，因此協會之功能也更加擴大，以服務更多之菇農。

台灣菇類發展協會的功能
一、配合政府相關單位，查緝走私---初步鑑定工作。
二、推行菇類標章：以香菇標章為主
三、提供資訊給政府機關，防止中國菇類由第三地轉進台灣。
四、提供國外栽培資訊給政府相關單位參考。
五、訂購中、日雜誌，以瞭解競爭國的產業發展情形。
六、參加中國所舉辦的國內或國際菇類各種活動，藉以搜集各國菇類相關資料。
七、參訪中國菇類相關單位，建立友誼，增加更多資源。